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Modules de formation

Formation d'insertion professionnelle et d'ouverture scientifique

L'enseignement vise à donner des connaissances scientifiques théoriques et pratiques dans les disciplines liées au travail de recherche doctorale mais permettre également une ouverture vers d'autres approches ou domaines. Ce besoin de flexibilité est souligné par le milieu scientifique public et privé comme un élément essentiel de l'insertion professionnelle. Un jeune recruté est toujours amené à utiliser ses compétences dans des champs d'applications plus vastes que celles du doctorat.
Le cursus comprend 4 modules obligatoires de 20h. Il est bien sûr possible de cumuler des formations plus courtes.
  • 2 modules d'ouverture scientifique (40h) dont le module obligatoire d'éthique de la recherche ou d'intégrité scientifique
  • 2 modules d'insertion professionnelle (40h)

Dispense partielle :
Les doctorants sous contrat CIFRE, les praticiens hospitaliers actifs (ex: chefs de clinique, AHU), les doctorants salariés dont le financement n'est pas dédié à la thèse ou doctorants en cotutelle, sont dispensés de la moitié des modules (40h de formation requises au lieu de 80h).

 

Modules de formation proposés aux doctorants

Module obligatoire : formation à l'éthique de la recherche et/ou à l'intégrité scientifique

La formation est incluse dans les heures de formation requises (modules obligatoires >> module d'ouverture scientifique).
L’Université de Lyon propose 3 types de formations doctorales à l’Ethique de la recherche et une formation à l'intégrité scientifique :

MOOC Ethique de la recherche - plate-forme FUN

Modalités : les candidats s’inscrivent directement sur la plate-forme FUN. Ils reçoivent une attestation de suivi de FUN en fin de formation, s’ils ont répondu aux quizz.
=> Site internet : https://www.fun-mooc.fr

SPOC Ethique de la Recherche (Small private online course)

Réservé aux doctorants de l’Université de Lyon, il est proposé en même temps que le MOOC, sur FUN-MOOC.
Il sera composé des mêmes modules et séquences que le MOOC mais, en plus, les doctorants devront produire une analyse de cas (à partir d’une banque de cas) et évaluer 2 analyses de cas faites par leurs pairs.
Modalités : les candidats s’inscrivent sur Siged (catalogue des formations transversales), puis reçoivent une invitation à se connecter sur la plate-forme FUN. 
A l’issue de la formation, une attestation de 18 heures sera délivrée par l’UdL si l’évaluation finale a été accomplie.

Formation Ethique de la Recherche, classique en présentiel

Elle est ouverte aux doctorants ayant suivi le MOOC ou SPOC et qui souhaitent aller plus loin. Inscription sur SIGED, catalogue des formations.

MOOC Intégrité scientifique

Modalités : les candidats s’inscrivent directement sur la plate-forme FUN. Ils reçoivent une attestation de suivi de FUN en fin de formation, s’ils ont répondu aux quizz.
=> Site internet : https://www.fun-mooc.fr 

Modules internes proposés par l'école

Analyse de Séquences Génomiques et Phylogénie

Le nombre maximal de participants admis à ce module est de 16 doctorants. 

 * Lieu: Salle de formation du PRABI - UMR CNRS 5558; Laboratoire 
   Biométrie et Biologie Évolutive, Bâtiment Grégor Mendel - 2ème 
   étage; 43, boulevard du 11 novembre 1918; 69622 Villeurbanne Cédex. 
 * Dates: Modification !!! => 16 au 18 juin 2021 (au lieu du 4-7 mai 2021)
 * Intervenants: Guy Perrière & Monique Aouad
 * Contact inscription : Guy Perrière Guy.Perriere@univ-lyon1.fr
>> Lien pour les inscriptions à la formation
 * Programme : 
     o Cours: Alignement de séquences, Phylogénie moléculaire, Génomique. 
     o TP: Recherche de similarité de séquences, Phylogénie.

Formation théorique et pratique en statistique bayésienne

L'inférence bayésienne est de plus en plus utilisée dans divers domaines de la biologie (épidémiologie, écologie, évolution, etc). Le but de cette formation est d’apporter les bases en statistique bayésienne, à travers une série de 8 séances de 3 heures, alternant entre cours et travaux pratiques sur ordinateur.
  • Prérequis: une formation élémentaire en mathématiques, ainsi qu’une bonne maîtrise du langage de programmation R. 
  • Le nombre maximal de participants admis à ce module est de 16 doctorant-e-s. 
  • Lieu: Salle de formation du PRABI - UMR CNRS 5558; Laboratoire Biométrie et Biologie Évolutive, Bâtiment Grégor Mendel - 2ème étage; 43, boulevard du 11 novembre 1918; 69622 Villeurbanne Cédex.
  • Intervenants: Bastien Boussau, Marie-Laure Delignette-Muller, Nicolas Lartillot, Fabien Subtil, Philippe Veber.contact: Philippe.Veber@univ-lyon1.fr
  • dates, programme détaillé et modalités d'inscription : Contac

Paléontologie et Evolution: le message des fossiles

  • Lieu : UMR 5276 LGLTPE, Université Lyon 1, 69622 Villeurbanne
  • Dates : juin 2019 (dates à préciser), durée 20hContacter le responsable.
  • Intervenants : Fabrice Cordey, Gilles Escarguel, Régis Chirat, Emmanuel Robert, Vincent Perrier
  • Contact : Fabrice Cordey:  cordey@univ-lyon1.fr
A l'heure de l'"évolomique" (géno-, transcripto-, protéo-, métabolo-, etc.), à quoi bon continuer à étudier des fossiles ? Qu'est ce que ces morceaux de roches, témoins d'évolutions passées, ont à nous apprendre de pertinent qu'aucun des outils bioinformatiques surpuissants désormais disponibles ne saurait voir ? Nous abordons tout d’abord les questions liées à l'origine de la vie et celle des premières grandes radiations eucaryotes, et en particulier comment la phylogénie moléculaire des biologistes s’accorde - ou pas - avec les données disponibles et imparfaites du registre fossile. Quatre axes de recherche sont ensuite envisagés et dessinent ensemble une même perspective générale, phylogénétique et macroécologique : les fossiles illustrent l' "étendue des réalisés" au cours de l'Histoire de la vie, précisant de fait les conditions aux limites de la biosphère actuelle, infime fraction depuis plus de 3,5 milliards d'années. Le dernier volet du cours aborde les aspects biomécaniques de la morphogenèse biologique. A travers plusieurs exemples tirés de l'étude de la morphogenèse animale et végétale, on montre que l'émergence de certaines formes biologiques peut être en partie prédite sur la base de l'étude d'instabilités mécaniques générant des formes similaires dans des systèmes physiques.
Enfin, le module prévoit la visite des collections de paléontologie de l'Université Lyon 1, les premières collections universitaires françaises, issues de la création de la faculté des sciences de Lyon en 1808, riches de 10 millions de spécimens! Rendez-vous en juin!

Les outils isotopiques et le cycle de l'eau

Contenu de la formation (18h):
  • L'eau sur Terre: 
    • théories concernant son origine sur Terre
    • l'eau: une molécule aux propriétés physiques extraordinaires
    • l'eau et l'origine de la vie sur Terre
    • le cycle de l'eau et le climat
    • les grands réservoirs d'eau sur Terre et leurs compositions chimiques
    • l'eau une ressource à gérer par et pour les êtres humains
  • Les isotopes stables en Sciences de la Terre et de la Vie: 
    • mécanismes de fractionnements isotopiques des éléments légers (H, C, N, O, S)
    • traçage isotopique du cycle de l'eau et climats du passé
    • la mémoire isotopique des fossiles:- reconstitution des milieux de vie terrestres et aquatiques- thermophysiologie de vertébrés disparus
    • reconstitution des régimes alimentaires
    • traçage des migrations: application en paléoanthropologie
  • Techniques analytiques: 
    • la spectrométrie de masse isotopique

Cette formation accueillera 20 étudiants maximum.

Formation en Statistiques

Plusieurs modules offerts à l'école doctorale, inscription impérative avant le 30 octobre. Certains modules nécessitent des pré-requis tels que la participation à un autre module
(contact : Marie-laure Delignette-Muller, email : marielaure.delignettemuller@vetagro-sup.fr

Contenu des modules et inscription : https://biostatistique.vetagro-sup.fr/formcont.html

Site d'enseignement en biostatistique de VetAgro Sup : https://biostatistique.vetagro-sup.fr

Outils génétiques et construction de mutants chez les micro-organismes

  • Contact : Erwan GUEGUEN, MCU, UCBL, erwan.gueguen@univ-lyon1.fr
  • Lieu : Laboratoire MAP, Bâtiment Lwoff, campus de la Doua, Villeurbanne
  • Dates : du 2 au 4 mai 2022
Objectifs de la formation :
Comprendre et savoir mettre en oeuvre les techniques de génie génétique les plus récentes utilisées chez les bactéries, levures et champignons microscopiques

Consulter la plaquette de formation

Modules de master M2 hors spécialité

Ces modules sont destinés à tous. Sauf à les avoir suivis préalablement, le choix est libre. Les doctorants intéressés doivent contacter le responsable du module concerné afin de connaître les modalités de suivi de la formation éventuellement le responsable du Master.

Master Santé et populations "Modèles linéaires et non linéaires à effets mixtes"

Resp. René Ecochard rene.ecochard@chu-lyon.fr

Master Ecologie, Ecologie Microbienne, Evolution (EEME) "Ecologie comportementale"

contact: Emmanuel.Desouhant@univ-lyon1.fr

Master Ecologie, Ecologie Microbienne, Evolution (EEME) "Phylogénie moléculaire"

contact: Manolo.Gouy@univ-lyon1.fr 

Autres formations

Les formations proposées par l'Université de Lyon

Consulter le catalogue

Large gamme de disciplines représentée, des sciences humaines et sociales à la médecine, en passant par l'ingénierie, la technologie => inscription via SIGED
En cas de questions sur ces formations (suivi inscriptions, attestation, etc.), veuillez consulter la FAQ Siged ou contacter sos.formation@universite-lyon.fr

Les formations proposées par l'URFIST (Unité Régionale de Formation à l'Information scientifique et technique)

Consultez le catalogue des formations URFIST 

Stages

Des stages permettant d'apprendre une technique, de découvrir une autre approche de la recherche, ainsi que des stages en entreprise, peuvent êtres validés en tant que modules. 

Des aides financières pour les stages sont proposées par E2M2.

L'Ecole doctorale E2M2 propose des aides financières pour des stages à l'étranger et en France. L'objectif est d'aider les doctorants à compléter un budget auquel participerait aussi l'unité de recherche ou la direction de thèse.

Cet appel d'offre ne concerne pas les congrès à proprement parlé mais les stages de formation, ateliers ou workshops destinés à faire acquérir des connaissances pratiques ou familiariser avec des outils utilisés pendant la thèse
(NB: ces ateliers ou workshops peuvent parfois se dérouler pendant des congrès).

Le montant maximum alloué par E2M2 est de 300 à 500 euros par projet (selon que le stage ait lieu en France ou à l'étranger).
Ces stages peuvent être comptabilisés au titre de formation doctorale. Les stages à l'étranger sont financés en priorité, mais les demandes peuvent aussi concerner des stages en France.

La fiche de demande d'aide pour stage doit être resnseignée sous word par le(la) doctorant(e) puis signée par le directeur ou directrice de thèse, et sauvegardée en fichier PDF d'une seule page avec le titre suivant : Nom.Prenom.AidesStagesE2M2.pdf

La fiche doit être envoyée par email à : secretariat.e2m2@univ-lyon1.fr + copie directeur et directeur-adjoint E2M2